מאז היווסדות המניין החב”די בירושלים העתיקה בשנת ה’תר”א (1841) ע"י כ"ק אדמו"ר הצמח-צדק – רבי מנחם מענדל שניאורסון. ובנייתו של המבנה בין השנים ה’תר”ה (1845) – ה’תרי”ח (1858), ומאז גאולתו של בית הכנסת בשחרור העיר העתיקה לאחר מלחמת ששת הימים בשנת ה'תשכ"ז (1967) מהווה ביהכ”נ ‘צמח צדק’ כמרכז חסידי חב”ד בעיה”ק ירושלים ומשמש כמרכז לפעילות חב”דית עניפה לצד קיומו של 'כולל האברכים' שנוסד ע”י כ”ק האדמו"ר מליובאוויטש בשנת ה’תשל”ב (1972).